噴霧干燥機的閉式噴霧干燥系統也稱封閉循環式噴霧干燥系統，它的特點是系統組成一個封閉的循環回路，載熱體可以循環使用。對于揮發物是有機化學溶劑、有毒或逸出后能對人身、環境造成危害物料的干燥，料液中含有的有機溶劑或產品是易氧化、易燃、易爆的物料，一般情況下，需用這種流程的物料都是不能接觸氧氣的，所以載熱體大多使用惰性氣體（如氮氣、二氧化碳等）。從干燥器排出的尾氣，經過氣固分離后還要經過冷凝器回收溶劑或去除濕分，再經加熱器升溫后進入干燥器進行循環使用有機溶劑噴霧干燥機。這類干燥器在系統中要增加制冷設備，運轉費用較高，對設備的氣密性要求較高，干燥器內以常壓或微正壓為主，以防止空氣進入系統。
噴霧干燥機的開式噴霧干燥系統，熱空氣在系統中只通過一次，不再循環使用，這種流程主要適用于尾氣中濕含量較高、揮發物無毒、無臭味、排入大氣后不能造成任何污染的場合。
因噴霧干燥中絕大多數的揮發成分是水，所以這種流程也是*常采用的方案。空氣由風機作用經過換熱升溫后進入干燥器，干燥后與蒸發的水蒸氣和粉狀產品一起進入除塵系統，進行氣固分離，然后高濕低溫氣體排入大氣。這種系統的優點是流程簡單，設備投資小、運轉費用低。缺點是空氣量消耗比較大，能源浪費較多，對于進口溫度為180℃左右的系統，尾氣中帶走的熱量約占總熱量消耗的33%左右。