為適應環保的要求，只用目前常規配置的旋風分離器分離產品、凈化尾氣是不夠的，還可以加用袋式除塵器凈化，使尾氣含塵量低于50毫克/立方納米氣體即可達標；或選用濕式洗滌器，將尾氣含塵量降到15～35毫克/立方納米氣體。小型噴霧干燥機采用氮氣做載體時，系統要注意密閉，排氣口要引到室外。

某些藥品的**性對噴霧干燥設備的保護設計也會提出更高的要求。用有機溶劑溶解的物料，在干燥時要求整個系統必須滿足防爆要求，同時在電機、儀表、控制閥等配件設計時都要選擇防爆型。另外，為防止溶劑和空氣混合為爆炸氣體，系統必須采用密閉循環系統，載體要選用惰性氣體，如氮氣等。除此之外，一些易氧化物料的干燥，也要采用以氮氣為載體的密閉循環系統。
噴霧干燥的產品為細粒子，容易形成粉塵。
提高熱利用率是當務之急熱空氣進口溫度在并流操作時為250℃～500℃，逆流操作時為200℃～300℃，霧化干燥后出口溫度一般控制在60℃～100℃，其熱利用率較低，這也是噴霧干燥的不足之處。
目前國內工業規模的噴霧干燥機，熱效率一般為30%～50%。國外帶有廢熱回收的噴霧干燥機，熱效率可達到70%，但該設備只有在生產能力大于100千克（水）/小時才有經濟意義。不過，在用到氮氣載體和有機溶劑時，采用密閉循環系統，可使氮氣循環使用，溶劑冷凝套用，從而可有效地降低了生產成本。
但總的來說，噴霧干燥使用過程中的成本問題還需要設備設計和生產者進一步研究，以找到更好的降低成本的對策。